По архивным документам впервые вопрос об открытии школы был поднят в 1941 году. В Наркомпрос Якутской АССР была направлена докладная, в которой заведующий РАЙОНО т. Федоров обосновывал необходимость открытия школы в Хандыге для детей школьного возраста, так как число детей должно увеличиться в связи с прибытием рабочих для строительства Магаданской трассы. Предполагалось открыть начальную школу в Хандыге с прикреплением детей Ынгинского наслега. В разгар Великой Отечественной войны в 1942 году открылась Хандыгская школа.

Первым директором Хандыгской неполной средней школы был Павел Федорович Тюменцев, который в 1943 году был призван на войну и героически погиб в 1944 году.

За 75-летнюю историю Хандыгская школа выпустила сотни выпускников, которые работают и живут во многих городах России и за рубежом. Среди выпускников школы есть учёные, авиаторы, журналисты, руководители, педагоги и врачи. Школа по праву может гордиться своими талантливыми учителями, которые оставили неизгладимый след в душе каждого выпускника это: Н.О.Прокопьева, Л.Н.Ивойлова, К.Т.Сукманова, Т.И.Голопёрова, С.М.Сафина, К.Н.Шулунова, И.А.Солохин, Е.М.Пономарёва, В.И.Солохина, А.С.Юрченко, П.Д.Качановская, Р.А.Губина, А.С.Павлова, Л.Е.Казакова, В.Г.Князева, В.В.Внукова, Т.В.Бондарева, Т.И.Филиппова, С.А.Диченко, Р.С.Белоглазова, Т.А.Тарасова, А.Ф.Орлова, Н.А.Неустроев, И.Я.Афанасьев, Л.Г.Туманова, Л.Д.Путинцева, Г.В.Лобанова, Е.Л.Винокурова и многие другие.

Достойно продолжают свою педагогическую деятельность: Л.Н.Егораева, В.С.Игнатьева, В.Н.Гайденко, В.Г.Сидельцев, Т.К.Ковалёва, Л.М.Кунгурцева, Т.Н.Абрамова и другие.

Это одна из больших школ района, которая имеет историю от Великой Отечественной войны до наших дней, где переплетена судьба всей России.

Нынешняя Хандыгская средняя школа в каменном здании работает с 1985 года. Поселок остро нуждался в новой школе, так как старая деревянная школа была переполнена, в классах обучалось до 45 учащихся, Райкомом партии и райсоветом было принято решение о строительстве каменной школы. Строительством школы занималась ПМК — самая крупная строительная организация в районе.

В 1998 году на базе средних школ №1 и № 2 п. Хандыга были созданы два новых образовательных учреждения: гимназия и школа. Но настало время осмысления истории Хандыгской средней школы независимо от деревянного или каменного здания. И история Хандыгской средней школы Томпонского района должна принадлежать той школе, которая называлась и называется Хандыгская средняя школа.

Современная Хандыгская школа – это Школа равных возможностей. Главная задача образовательного учреждения – гарантировать качественное образование, социализацию детей независимо от их уровня, способностей и возможностей. На базе школы функционирует Центр дуального образования для обеспечения социальной защищённости выпускников и получение ими начального профессионального образования по следующим специальностям: водитель категории «В», оператор ЭВМ, повар, секретарь-машинистка. Также приоритетным направлением считаем воспитание личности ребёнка в поликультурной среде. Для достижения воспитательных целей по проявлению нравственных чувств и качеств – патриотизма, бескорыстия, трудолюбия, милосердия, сострадания, добра, уважения к малой родине большую роль играет детская организация «ШКИТ» (школа креативных, инициативных, талантливых).

Хандыгская школа – опорная школа Министерства образования РС (Я). На базе школы ежегодно проводятся республиканские, районные семинары среди педагогов, курсы повышения квалификации учителей, научно-практические конференции учащихся и многие мероприятия.

Проведение юбилейных мероприятий – это консолидация всей общественности района, республики в целях воспитания подрастающего поколения за гордость своей школы, посёлка и малой Родины.